散熱風扇的軸承系統一般建議最好選用滾珠軸承，因為 散熱風扇的壽命通常取決于其軸承的可靠性，滾珠軸承系統已被證實具有高效率與低生熱的特點。滾珠軸承屬滾動摩擦，由金屬珠滾動，接觸面小，摩擦系數小；而含油軸承為滑動摩擦，接觸面大，長期使用后，油會揮發，軸承容易磨損，摩擦系數大，后期噪音較大，壽命短。品質好的風扇除了通風量大、風壓高以外，可靠性也是非常重要的，風扇使用的軸承形式在此顯得非常重要。高速風扇一律使用滾珠軸承（Ball bearing）而低速風扇則使用成本低廉的含油軸承（Sleeve bearing）。含油軸承風扇只用一個軸承；而滾珠軸承風扇都需要兩個軸承，單滾珠軸承，是“1 Ball + 1 Sleeve”，依然帶有含油軸承的成分。比單滾珠更高級的是雙滾珠軸承，即Two Balls。含油軸承壽命一般為10000小時，單滾珠軸承為30000小時，雙滾珠軸承為50000小時以上（環境溫度均設定在25℃以下時）。風扇使用的含油軸承由銅基粉末燒結而成，使用含油軸承需加潤滑油以減少滑動摩數,潤滑油由鋰基潤滑脂加特制機油調制而成。隨著長時間的運轉，軸承內的機油會揮發而變干，摩擦系數增大，風扇運轉受影響，可能出現異音，轉速偏慢甚至不轉現象。而滾珠軸承由滾動摩擦取代了滑動摩擦，摩擦系數小并克服了摩擦系數容易變的缺點，因而運轉穩定性強，壽命相對要長得多。
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